Khi Charles II qua đời năm 1685, cha của Anne trở thành vua James II ở Anh và Ireland và James VII ở Scotland. Trước sự kinh ngạc của những người Kháng Cách tại Anh, James đưa một loạt thành phần công giáo lên nắm các quyền quân sự, hành chính, trái với ý muốn của đa số quần chúng ở một nước Kháng Cách như Anh[37]. Anne chia sẻ với cha về những mối quan tâm chung của hai người, song bà vẫn tiếp tục tôn sùng Anh giáo. Lúc đó chị gái bà là Mary đang ở Hà Lan, vợ chồng Anne là những người duy nhất trong hoàng gia tham dự vào các nghi lễ Anh giáo được tổ chức[38]. Khi cha bà cố gắng buộc bà thực hiện nghi thức rửa tội để trở thành một thành viên Công giáo, Anne đã khóc rất nhiều[39]: "Giáo hội ở Rome thật xấu xa và nguy hiểm" - Anne viết trong bức thư gửi cho người chị: "nghi lễ kiểu cách - phần lớn trong số họ - hoàn toàn sùng bái thần tượng"[40]. Anne ngày càng trở nên xa lạ hơn đối với cha và mẹ kế của mình, nhất là khi James tìm mọi cách để làm suy yếu quyền hành của Giáo hội Anh[41].

Đầu năm 1687, Anne bị sẩy thai lần nữa, vương tử George mắc bệnh đậu mùa, và hai người con gái của họ lần lượt chết yểu. Lady Rachel Russell tường thuật lại rằng: "Họ mang tâm trạng như đối mặt với cái chết nặng nề. Đôi khi họ khóc, đôi khi họ vừa khóc vừa nói, sau đó ngồi im lặng, nắm tay nhau. Ông trên giường bệnh, và bà, có thể tưởng tượng giống như một y tá tận tình chăm sóc chồng". Cuối năm đó, Anne lại sinh ra một đứa bé đã bị chết lưu trong bụng mẹ[36].

Khi đó cả nước Anh nháo động vì có tin vương hậu mang thai lần đầu tiên kể từ khi James lên ngôi (1685)[42]. Trong thư viết cho chị gái Mary, Anne bày tỏ sự nghi ngờ rằng cái thai của vương hậu chỉ là giả, đó là một mưu tính khá sâu cay để đưa một người ngoài lên làm người thừa kế. Đến tháng 4 năm 1688, Anne lại bị sẩy thai và được đưa ra khỏi Luân Đôn, có một kì nghỉ dưỡng ở spa town, Bath để hồi phục sức khỏe[43].

Cuối cùng, vương hậu Maria hạ sinh được một hoàng tử James Francis Edward vào ngày 10 tháng 6 năm 1688. Khi đó cậu bé này được rửa tội như một giáo dân Công giáo, và khả năng Vương triều Công giáo vững chắc lên trị vì Anh Quốc là hoàn toàn có thể xảy ra[44]. Khi đó Anne vẫn còn ở Bath, vì vậy bà đã không chứng kiến sự ra đời của em trai, mà tin rằng niềm tin rằng hoàng tử đó là giả mạo. Có thể bà đã cố tình tìm cách rời khỏi Luân Đôn để tránh bị hãm hại, hoặc là thực sự gặp vấn đề sức khỏe[45]. Nhưng cũng rất có thể là James đã tìm cách loại bỏ những người Kháng Cách, bao gồm cả con gái ông, ra khỏi vũ đài chính trị[46][47]. "Em không bao giờ thực sự hài lòng", Anne viết thư cho chị gái Mary: "Mặc dù đứa trẻ đó là thực hay giả. Có thể nó là em trai của chúng ta, điều này chỉ Chúa Trời mới biết. Một con người không thể có 1000 nỗi sợ hãi và những suy nghĩ u sầu, nhưng với những thay đổi có thể sắp sửa xảy tới, chị có thể sẽ không bao giờ tìm thấy được em kiên định với tôn giáo của em và lòng trung thành của chị[48]".

Để xua tan đi những tin đồn về việc vương tử là giả mạo, James cho mời 40 người, lập thành Hội đồng cơ mật, đến làm nhân chứng về sự ra đời của vương tử. Anne tuyên bố rằng bà khồng thể tham gia vì đã mang thai (nhưng lời tuyên bố đó không phải là sự thực)[49], và sau đó từ chối đọc những điều mình thấy trong ngày hôm đó vì nó không cần thiết[50].